Durante a Idade Média, a assistência não era considerada uma obrigação da administração pública, mas um ato de caridade e de piedade individual. Por esse motivo, muitos particulares fundaram ou ajudaram a manter pequenas instituições para cuidar de doentes pobres e de outros necessitados – contexto no qual, durante o séc. XVI, foram criadas as Misericórdias Portuguesas.
A par dos remédios para o corpo, constituídos por “mezinhas”, purgas e sangrias, procurava-se acima de tudo a salvação das almas. O hospital era uma casa de Deus e a medicina que se praticava misturava-se com a religião. Havia um santo protector para cada doença. Os leprosos, isolados em gafarias ou gafanhas, colocavam-se sob a proteção de S. Lázaro. Contra a peste, que provocava epidemias devastadoras, recorria-se a S. Sebastião ou a S. Roque.
A assistência prestada pela Santa Casa da Misericórdia de Guimarães aos doentes pobres era, inicialmente, feita nas suas próprias casas pelos doze irmãos que constituíam a governança, que deviam pedir esmolas pela vila, para adquirirem as dietas e remédios a distribuir pelos enfermos. Ao mesmo tempo eram geridas pela Misericórdia algumas gafarias e outras casas de apoio a doentes. Só em 1606 a Misericórdia instalou um hospital em casas que possuía junto à sua igreja, prolongando-se pela viela de Arrochela até ao Largo de S. Paio.
Em 1842 a Misericórdia arrematou em hasta pública o extinto Convento de Santo António dos Capuchos e a sua cerca, na zona perto do Castelo, o que possibilitou, após algumas obras de adaptação, a mudança definitiva do hospital para o novo espaço, em Junho de 1884. As políticas de saúde pública iniciadas por Passos Manuel, as repetidas epidemias que assolaram o país, as novas exigências em matéria de ventilação, iluminação, lotação de quartos e enfermarias, e isolamento de doentes infectocontagiosos, obrigaram a Misericórdia à requalificação e ampliação do edifício existente. As obras realizaram-se de 1861 a 1867, segundo o risco do arquiteto José Luís Nogueira. Para a salubridade e funcionalidade das instalações foi adoptada uma planta em forma de cruz, com pátios interiores.
Certos acontecimentos atestam a importância do Hospital da Misericórdia na saúde da população do concelho. Destaca-se a realização da primeira cesariana em 1903; a assistência aos infectados pela gripe broncopneumónica de 1918; a compra de aparelhagem para transfusões de sangue em 1946; a inauguração de um pavilhão para doenças infectocontagiosas em 1952; a abertura do bloco cirúrgico em 1960 e a criação, no mesmo ano, da Região Hospitalar de Guimarães, que implicou a extensão dos serviços cirúrgicos aos doentes de concelhos vizinhos.
O Hospital da Misericórdia foi nacionalizado em 1974, passando a funcionar em regime de arrendamento pelo Estado até 1995, ano em que todos os serviços foram transferidos para o Hospital Senhora da Oliveira.